2016年11月，德克萨斯大学在一份关于MDA的审计报告中指出：“MDA与IBM沃森的合作项目花费了总计6200多万美元（编注：最终支付IBM公司3920万美元，此外还支付了普华永道2120万美元，以及其他花费），却仍未达预期目标。”
审计报告称，该项目的合作重点多次变更。先是侧重于某种类型的白血病，后转向了白血病，接着又转向肺癌。根据最初计划，双方合作的成果要在其他两家医院的试验人员身上进行测试，但这也从未实施。
“合作项目暂停了，但我们觉得这是合适的。”MDA发言人在接受《福布斯》采访时说，“作为一个公共机构，我们决定到市场上去看一看其他同类竞品的情况，看一看行业的发展情况。”
2013年10月，IBM宣布与MDA合作，希望能共同消灭癌症。IBM投入到MDA的产品名为“肿瘤学专家顾问——OEA”。IBM的数据显示，癌症专家给出的意见有90%的情况是与OEA相同的。
针对MDA暂停合作的消息，IBM发言人告诉《福布斯》：“OEA研发项目取得了成功，如果MDA选择推进OEA研发，那么该项目的成效可能已经可以看得到了。”
沃森与MDA合作存争议
据《福布斯》报道，当初，MDA与沃森“牵手”的主因是看到了IBM与其竞争对手的合作。
2012年3月，IBM与纽约纪念斯隆?凯特琳癌症中心（Memorial Sloan Kettering，以下简称MSK）签署了一项协议，希望利用沃森的技术分析医学文档，开发商业产品，帮助医生为癌症患者选择治疗方案。
这时候，作为MSK的长期竞争对手，MDA在上述协议签署后便坐不住了。MDA基因药物部前主席琳达?真（Lynda Chin）随即宣布与IBM合作，开发一个单独项目。但真在2015年离开了MDA，转到了德克萨斯大学的另一个岗位上。
尽管目前合作暂停了，但MDA还是为整件事情买了单，最终支付IBM公司3920万美元，还支付给普华永道2120万美元。当时，MDA聘请普华永道为这个合作项目的产品设计了一套商业计划。
根据德克萨斯大学的审计报告，当时项目负责人真绕过了正常的程序，支付了普华永道的这笔高昂的费用，还确保了这笔单独的款项不超过董事会规定的金额。这样一来她便可以无需获得MDA董事会批准。报告的附录显示，这样的支付方式也可能发生在向IBM支付费用时。另外，这个项目也并没有得到MDA信息技术部门的批准。
波士顿Beth Israel Deaconness医疗中心首席信息官约翰?哈拉姆卡（John Halamka）在接受《福布斯》采访时表示，绕过信息技术部门似乎“非常奇怪”，而付款不是基于可衡量、可交付成果则显得“非常不寻常”。哈拉姆卡还指出，支付资金的来源似乎是从尚未收到的捐款中支出的。
据《华盛顿邮报》报道，这笔钱里面至少有5000万美元来自一位名叫Low Taek Jho的马来西亚金融家。目前，他的商业交易正在接受美国司法部的调查。
除了合作资金来源存在争议外，双方的合作方式也让外界感到不同寻常。《福布斯》称，通常来说，科技公司会付钱给研究中心，请他们对自己的产品进行研究试验。但在这个案例里，MDA是掏钱购买使用权的一方，但同时也能拥有产品。“这是一个非常不寻常的业务合作安排。”俄勒冈健康科学大学肿瘤学家威奈?普拉萨德（Vinay Prasad）在接受《福布斯》采访时说。
最后，《福布斯》的报道认为，MDA的管理也相当混乱。在与IBM合作期间，MDA改变了用于管理电子病历的软件，转为使用由一家名为Epic Systems公司做的系统。根据审计报告，沃森产品不适用于新的Epic系统，必须进行修改才能重新测试。这个新系统让MDA的净收入下降了4.05亿美元。
人工智能“明星”沃森遇尴尬
对于IBM来说，MDA宣布暂停合作，让其面临尴尬局面。
沃森是IBM基于自然语言的计算项目，一直是IBM业务布局的重中之中。这台超级计算机在2011年智力问答节目《危险边缘》上击败了两位得分最高的人类玩家，一时间引发全世界的无限遐想。
IBM一直希望沃森能帮助自己拥抱更多的消费者和商业应用，以弥补自己在传统硬件和软件产品上的不足。但这时候爆出与世界顶级癌症中心合作终止，可能会影响沃森今后的合作。尴尬的是，就在MDA宣布合作暂停的第二天，IBM公司的首席执行官吉尼·罗曼提（Ginni Rometty）即将在一个大型健康信息技术会议上做演讲，详细介绍沃森在医疗保健领域取得的进展，并宣布推出用于管理医学图像的新产品，同时让医院相信产品物有所值，还会宣布与医疗保健系统的新合作关系。
此前，除了与MDA合作外，沃森在世界范围内已经展开了多项合作。例如与美国梅奥诊所（Mayo Clinic）进行试验，以更快速、高效地给患者提供合适的临床试验；与泰国康民国际医院合作，提高曼谷研究中心癌症治疗质量。在2015年，IBM还曾宣布，与克利夫兰医学中心、奥哈马市弗雷德与帕梅拉·巴菲特癌症中心等14家机构合作，以根据病人肿瘤的基因指纹制定出适合的治疗方案。
